一、核定扣除办法的本质
对财政部、国家税务总局和省级税务机关规定纳入试点范围的增值税一般纳税人（以下称试点纳税人）购进农产品增值税进项税额，不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，而是按税务机关确定的方法和审定的扣除标准计算当期允许抵扣的农产品增值税进项税额。农产品是指列入《农业产品征税范围注释》（财税字【1995】52号）的初级农业产品。
试点纳税人购进农产品以外的货物、应税劳务和应税服务，增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。
二、适用范围
（一）国家税务总局规定的范围。
自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，增值税进项税额均按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》的规定抵扣。液体乳及乳制品的行业范围按《国民经济行业分类》（GB/T4754-2011）中乳制品制造类别（代码C1440）执行；酒及酒精的行业范围按《国民经济行业分类》（GB/T4754-2011）中酒的制造类别（代码C151）执行；植物油的行业范围按《国民经济行业分类》（GB/T4754-2011）中植物油加工类别（代码C133）执行。
（二）省局规定的范围。
自2013年9月1日起，各省、自治区、直辖市、计划单列市税务部门可商同级财政部门，根据《农产品增值税进项税核定扣除试点实施办法》（财税【2012】38号）的有关规定，结合本省（自治区、直辖市、计划单列市）特点，选择部分行业开展核定扣除试点工作。
各省、自治区、直辖市、计划单列市税务和财政部门制定的关于核定扣除试点行业范围、扣除标准等内容的文件，需报经财政部和国家税务总局备案后公布。财政部和国家税务总局将根据各地区试点工作进展情况，不定期公布部分产品全国统一的扣除标准。
（三）委托加工液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油等。
增值税一般纳税人委托其他单位和个人加工液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油，其购进的农产品均适用农产品增值税进项税额核定扣除办法。
除上述规定以外的纳税人，其购进农产品仍按现行增值税的有关规定，抵扣农产品进项税额。
三、核定方法
（一）试点纳税人以购进农产品为原料生产货物的，农产品增值税进项税额，可按照以下方法核定：
省级（包括计划单列市，下同）税务机关应根据下列核定方法顺序，确定试点纳税人适用的农产品增值税进项税额核定扣除方法。
1.投入产出法：参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额，依据农产品单耗数量、当期销售货物数量、农产品平均购买单价（含税，下同）和农产品增值税进项税额扣除率（以下简称扣除率）计算。公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额
=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1+扣除率）
扣除率为销售货物的适用税率。
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期农产品耗用数量和平均购买单价时，应依据合理的方法归集和分配。
平均购买单价是指购买农产品期末平均买价，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用。期末平均买价计算公式：
期末平均买价
=（期初库存农产品数量×期初平均买价+当期购进农产品数量×当期买价）÷（期初库存农产品数量+当期购进农产品数量）
如果期初没有库存农产品，当期也未购进农产品的，农产品期末平均买价以该农产品上期期末平均买价计算；上期期末仍无农产品买价的依此类推。
政策解析：
1.投入产出法是以当期销售产品耗用的农产品数量为核心来核定当期抵扣的进项税额，属于实销扣除法，与外购扣除法存在本质区别。
2.农产品单耗数量是税务机关依据国家标准、行业标准和行业公认标准，核定销售单位数量货物耗用农产品数量，而不是纳税人的个别标准。
例题：
A公司是一家一般纳税人企业，2019年5月份开具农产品收购凭证购进原乳2500吨，买价1000万元，原乳平均购买单价为4000元/吨；销售10000吨乳制品取得不含税销售收入4200万元。已知原乳单耗数量为1.06吨。请问：按照投入产出法核定农产品进项税额，当期应纳税额是多少？
解析：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额
=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1+扣除率）
=10000×1.06×4000×9%/（1+9%）
=3500917.43（元）
销项税额=42 000 000×9%=3780000（元）
应纳税额=3780000-3500917.43=279082.57（元）
账务处理：
（1）购进原乳时：
借：原材料原乳 10 000 000
贷：银行存款 10 000 000
（2）销售乳制品时：
借：银行存款 45 780 000
贷：主营业务收入 42 000 000
应交税费-应交增值税（销项税额）3 780 000
（3）核定当月可抵扣农产品进项税额：
借：应交税费-应交增值税（进项税额） 3500917.43
贷：主营业务成本 3500917.43
（其他会计分录略）。
2.成本法：依据试点纳税人年度会计核算资料，计算确定耗用农产品的外购金额占生产成本的比例（以下称农产品耗用率）。当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据当期主营业务成本、农产品耗用率以及扣除率计算。公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额
=（当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率）/（1+扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
主营业务成本生产成本中不包括其未耗用农产品的产品的成本。扣除率为销售货物的适用税率。
农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期主营业务成本以及核定农产品耗用率时，试点纳税人应依据合理的方法进行归集和分配。
农产品耗用率由试点纳税人向主管税务机关申请核定。
年度终了，主管税务机关应根据试点纳税人本年实际对当年已抵扣的农产品增值税进项税额进行纳税调整，重新核定当年的农产品耗用率，并作为下一年度的农产品耗用率。主管税务机关重新核定试点纳税人农产品耗用率，也应按程序报经省级税务机关批准。
政策解析：
成本法侧重于农产品耗用金额的控制，税务机关依据纳税人会计核算资料，核定耗用农产品的购进成本占生产成本的比例，即农产品耗用率，由于它是按照上年指标计算出来的，因此年末应根据当年实际，对已抵扣的进项税额进行调整。
例题：
宜城公司是一家一般纳税人企业，2019年5月份销售10000吨乳制品，其主营业务成本为6000万元，农产品耗用率为70%，原乳平均购买单价为4000元/吨。请问：按照成本法核定当期可以抵扣的农产品进项税额是多少？
解析：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额
=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1+扣除率）
=60 000 000×70%×9%/（1+9%）
=3467889.91（元）
账务处理为：
借：应交税费-应交增值税（进项税额）3 467 889.91
贷：主营业务成本 3 467 889.91
（其他会计分录略）。
3.参照法：新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，试点纳税人可参照所属行业或者生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或者农产品耗用率。次年，试点纳税人向主管税务机关申请核定当期的农产品单耗数量或者农产品耗用率，并据此计算确定当年允许抵扣的农产品增值税进项税额，同时对上一年增值税进项税额进行调整。核定的进项税额超过实际抵扣增值税进项税额的，其差额部分可以结转下期继续抵扣；核定的进项税额，低于实际抵扣增值税进项税额的，其差额部分应按现行增值税的有关规定，将进项税额做转出处理。
（二）试点纳税人购进农产品直接销售的，农产品增值税进项税额按照以下方法核定扣除：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额
=当期销售农产品数量/（1-损耗率）×农产品平均购买单价×9%/（1+9%）
损耗率=损耗数量/购进数量
例题：
甲企业为增值税一般纳税人，属于农产品增值税进项税额核定扣除试点范围企业。2019年8月期初库存农产品200吨，期初平均买价0.21万元/吨；当月从农民手中购入农产品400吨，每吨含税价格0.24万元，入库前发生整理费用1万元；因企业生产能力下降，当月直接销售外购农产品260吨，取得不含税销售额140万元。已知农产品损耗率为3%，则甲企业当月应纳增值税额为（ ）万元。
本月加权平均单价=（200*0.21+400*0.24）/600=0.23，注意平均购买单价不包括买价之外单独支付的运费和入库前的挑选整理费用。计算可以抵扣的进项税 260/（1-3%）*0.23*9%/（1+9%）=5.09；应纳税额140*9%-5.09=7.51万元。
提示：纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
（三）试点纳税人购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等），增值税进项税额，按照以下方法核定扣除：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额
=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×9%/（1+9%）
试点纳税人销售货物，应合并计算当期允许抵扣农产品增值税进项税额。
购进用于生产销售或委托受托加工13%税率货物的，扣除率为10%，加工初级农产品的为9%扣除率。如购进消耗燃料用的木材用于生产未经鞣制的动物皮张，最终货物税率为9%，扣除率为9%；如外购生产酱卤猪肉所需的大料、花椒，最终货物税率为13%，扣除率为10%。
四、扣除标准
农产品单耗数量、农产品耗用率和损耗率统称为农产品增值税进项税额扣除标准（以下称扣除标准）。
试点纳税人在计算农产品增值税进项税额时，应按照下列顺序确定适用的扣除标准：
（一）财政部和国家税务总局不定期公布的全国统一的扣除标准。
（二）省级税务机关商同级财政机关根据本地区实际情况，报经财政部和国家税务总局备案后公布的适用于本地区的扣除标准。
（三）省级税务机关依据试点纳税人申请，按照扣除标准的核定程序审定的仅适用于该试点纳税人的扣除标准。
五、核定程序
（一）试点纳税人以农产品为原料生产货物的扣除标准和程序：
1.申请核定。以农产品为原料生产货物的试点纳税人，应于当年1月15日前（2012年为7月15日前），或者投产之日起30日内，向主管税务机关提出扣除标准核定申请，并提供有关资料。
2.审定。主管税务机关应对试点纳税人的申请资料进行审核，并逐级上报给省级税务机关。
省级税务机关应由货物和劳务税处牵头，会同政策法规处等相关部门组成扣除标准核定小组，核定结果应由省级税务机关下达，主管税务机关通过网站、报刊等多种方式及时向社会公告核定结果。未经公告的扣除标准无效。
省级税务机关尚未下达核定结果前，试点纳税人可按上年确定的核定扣除标准，计算申报农产品进项税额。
（二）试点纳税人购进农产品直接销售、购进农产品用于生产经营且不构成货物实体扣除标准的核定采取备案制，抵扣农产品增值税进项税额的试点纳税人，应在申报缴纳税款时向主管税务机关备案。
六、争议处理
试点纳税人对税务机关根据相关规定核定的扣除标准有异议，或者生产经营情况发生变化的，可以自税务机关发布公告或者收到主管税务机关《税务事项通知书》之日起30日内，向主管税务机关提出重新核定扣除标准申请，并提供说明其生产、经营真实情况的证据，主管税务机关应当自收到申请之日起30日内书面答复。
主管税务机关重新核定试点纳税人扣除标准时，也应按程序报经省级税务机关批准。
七、会计处理
（一）试点纳税人购进农产品取得的农产品增值税专用发票和海关进口增值税专用缴款书，按照注明的金额及增值税额一并计入成本科目；自行开具的农产品收购发票和取得的农产品销售发票，按照注明的买价直接计入成本。
（二）试点纳税人应当按照规定，准确计算当期允许抵扣农产品增值税进项税额，并从相关科目转入应交税费-应交增值税（进项税额）科目。未能准确计算的，由主管税务机关核定。
八、征收管理
（一）试点纳税人在申报期内，除向主管税务机关报送《增值税一般纳税人纳税申报办法》规定的纳税申报资料外，还应报送《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》《投入产出法核定农产品增值税进项税额计算表》 《成本法核定农产品增值税进项税额计算表》 《购进农产品直接销售核定农产品增值税进项税额计算表》 《购进农产品用于生产经营且不构成货物实体核定农产品增值税进项税额计算表》。
（二）试点纳税人纳税申报时，，应将《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》中当期允许扣除农产品增值税进项税额合计数填入《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第6男栏的税额栏，不填写第6栏份数和金额数据。
《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第1、第2、第3、第5栏有关数据中不反映农产品的增值税进项税额。试点实施之日期初库存农产品以及库存半成品，产成品耗用的农产品应转出的增值税进项税额，填入《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第17栏按简易征收办法征税货物用税额栏。
九、防范偷漏税措施
（一）试点纳税人购进的农产品价格明显偏高或偏低，且不具有合理商业目的的，由主管税务机关核定。
（二）各级税务机关，应加强对试点纳税人农产品增值税进项税额计算扣除情况的监管，防范和打击虚开发票行为，定期进行纳税评估，及时发现申报纳税中存在的问题。
十、过渡办法
试点纳税人应自执行本办法之日起，将期初库存农产品以及库存半成品、产成品耗用的农产品增值税进项税额做转出处理。
（财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知，财税【2012】38号，发文日期：2012-04-06；国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法有关问题的公告，国家税务总局公告2012年第35号，发文日期：2012-07-17；财政部 国家税务总局关于扩大农产品增值税进项税额核定扣除试点行业范围的通知，财税【2013】57号，发文日期：2013-08-28）
